PCIDEBUG

PCIDEBUG.DLLは、PCIインターフェースを持つ基板を、PCに付け、Windows OSから簡単に動作確認できる様にすることを目的に作成しました。
これを使用すればWin32アプリケーションからハードウエアに直接アクセスすることが可能です。

というすばらしいツールが存在するようだ。涙が出るね。
Windowsなら WinDriverいらず、と。(PCIからの FPGAプログラミングは別)

に対応 kernelバージョンが古いけれども、サンプルコードがある
(あとで「Linuxデバイスドライバ」を買おう。。。。)

ただ、ハードウェアを操作するだけなら、デバイスドライバは必須ではありません。なぜなら、Linux は root 権限のあるプログラムであれば、ハードウェア(I/Oポート、メモリ)にアクセスできるからです。
(snip)
デバイスドライバをつくらなくとも、ハードの操作はできます。

I/Oポートに対する読み書き
メモリへのアクセス
ただし、これらを行うためには root の権限が必要です。つまり、実行時に root になるか、実行ファイルのオーナを root にした上で chmod +s によって setuid ビットを立てる必要があります。ですが、実験用のプログラムなど、一品料理で全責任を自分で負えるような場合にはこれで十分です。

まあそうね。
setuid rootトしたンネルするような小物をつくっておいて、
それとユーザレベルプログラムと適当に unix pipeで繋いで、というインチキなのがいいのかなあ。 

というような感じで、まあ、ドライバは最悪 rootで動く野蛮なプログラム併用で逃げるとして、
FPGAへの書き込みがどーにもならんな。
4U筐体に USB Blaster貼り付けというのもシュールで素晴らしいが、ちょっとアホっぽいよな。